Deve ser realizado entre as 12 e 48 horas de vida, com o recém-nascido despido, e sistematizado, iniciando a sequência do específico para o geral e no sentido craniocaudal, inclusive nas situações emergenciais.

A pele do recém-nascido deve ter coloração rósea, podendo, em algumas situações, apresentar cianose periférica (acrocianose) em resposta ao frio.

Os achados comuns sempre têm repercussão clínica, como o vérnix caseoso, milium sebáceo, lanugo, máculas vasculares ou hemangiomas capilares e mancha mongólica.

A hemorragia conjuntival é relacionada ao parto, mas não costuma ser reabsorvida, assim como o estrabismo, que é um achado incomum e permanente no recém-nascido.