O Poder Judiciário, juntamente com o Poder Executivo e o Poder Legislativo, deve manter um sistema integrado de controle interno, cuja finalidade, entre outras, é apoiar a missão institucional do controle externo.

A fiscalização pública fica restrita aos aspectos financeiros, patrimoniais e orçamentários, sendo vedada a chamada “fiscalização operacional”.

O Tribunal de Contas da União opera como órgão de controle externo do setor público federal, porém, não lhe é possível tomar contas de pessoas jurídicas de direito privado, ainda que utilizem recursos públicos federais.

Elaborar o parecer prévio das contas anuais do Presidente da República é uma das competências atribuídas ao Congresso Nacional, de acordo com a Constituição Federal.

As contas dos administradores das fundações instituídas pelo Poder Público Federal serão julgadas pelo Congresso Nacional.