Instituição do Sistema Único de Saúde (SUS), em 1990.

Secretaria Nacional de Vigilância Sanitária passou a denominar-se Secretaria de Vigilância Sanitária (SVS).

Em 1995, foi realizado o Seminário Nacional de Vigilância Sanitária, cujo objetivo principal era reafirmar a necessidade de definição da Política Nacional de Vigilância Sanitária, integrada à Política Nacional de Saúde.

Foi dado início a um período de desregulamentação, cujo propósito era responder de forma rápida e ágil às demandas do setor produtivo.

A concessão de registros tornou-se uma atividade meramente administrativa, sem que fossem feitas as necessárias análises técnicas.