Dependendo do grau de crescimento bacteriano, pode ocorrer, em períodos de mistura total da massa líquida (inversão térmica), mortandade de peixes e reintrodução dos compostos reduzidos em toda a massa líquida.

O processo de eutrofização acelera o assoreamento, aumenta a acumulação de matérias e de vegetação, tornando um lago cada vez mais raso, até vir a desaparecer.

O aumento da produtividade do corpo d"água causa uma diminuição da concentração de bactérias heterotróficas que se alimentam da matéria orgânica das algas e de outros microorganismos mortos, aumentando o oxigênio dissolvido do meio líquido.

Investigações epidemiológicas têm mostrado elevada correlação entre a presença de grandes concentrações de algas azuis e epidemias de distúrbios gastrintestinais.

A eutrofização de corpos d"água utilizados para irrigação compromete os sistemas de bombeamento, em virtude da obstrução além do crescimento de macrófitas nos canais.