O diagnóstico molecular do vírus da hepatite C (HCV) envolve a detecção desse agente e sua quantificação em amostras biológicas, mas não é capaz de realizar a tipificação ou genotipagem de variantes.

A extração do DNA ou RNA das amostras biológicas, de forma manual, tem como primeira etapa a precipitação dessas moléculas com etanol absoluto e a ressuspensão com tampão TRIS-EDTA.

A técnica de multiplicação de moléculas de DNA, reação em cadeia da polimerase (PCR), tem o termociclador como equipamento essencial e exige a repetição de suas etapas de 4 a 8 ciclos, a saber: desnaturação, anelamento e polimerização.

A reação em cadeia da polimerase com transcriptase reversa (RT-PCR) foi desenvolvida e aprimorada para amplificar alvos de DNA, apta para a quantificação do vírus da imunodeficiência humana (HIV) em amostras clínicas, por exemplo.

A adição de uma sonda complementar à região do DNA, localizada entre os dois primers, permitiu o desenvolvimento da reação em cadeia da polimerase em tempo real, em que as etapas de amplificação e detecção ocorrem de modo simultâneo.