A SII é uma doença orgânica e a biópsia intestinal é indispensável para o seu diagnóstico.

Roma IV define a síndrome do intestino irritável (SII) como uma dor abdominal recorrente e que se associa com a defecação e a mudança do hábito intestinal. Tipicamente, apresenta-se por constipação, diarreia ou uma combinação de ambas alternadamente. O início dos sintomas deve ter ocorrido há, pelo menos, 12 meses e ter estado presente durante os últimos 6 meses.

Sinais como evidência de sangramento nas fezes (hematoquezia e melena), dor noturna ou tenesmo, perda de peso importante, massa abdominal ou linfonodos palpáveis são comuns na SII.

A SII é uma das várias doenças em que o diagnóstico é, na grande maioria das vezes, feito por exclusão, principalmente com outras desordens inflamatórias do trato digestivo. Para o diagnóstico, o início dos sintomas deve ter ocorrido há pelo menos 6 meses e ter estado presente durante os últimos 3 meses.

A lactoferrina fecal é de grande valia para o diagnóstico diferencial, pois ela é uma proteína existente no citoplasma dos granulócitos que, estatisticamente, está mais elevada na SII.