O monitoramento biológico em autoclave utiliza preferencialmente Bacillus atrophaeus, com leitura imediata ao final do ciclo, sem necessidade de incubação.

O indicador biológico deve ser colocado sempre na parte superior da câmara, pois é o ponto de menor temperatura e maior dificuldade de penetração do vapor.

O monitoramento biológico substitui os controles físicos e químicos do processo, sendo suficiente para liberar cargas sem outros registros.

O monitoramento biológico deve ser realizado com Geobacillus stearothermophilus, colocado no local mais desafiador para a esterilização (ex.: próximo ao dreno) e, na rotina, executado pelo menos semanalmente.