Uma causa comum é o hipotireoidismo, a insuficiência de T3 leva a aumento do conteúdo lipídico por redução da termogênese secundária à diminuição do tecido adiposo marrom e da expressão da UCP1 com consequente queda do gasto energético em repouso, além de menor prática de atividade física secundária a fadiga. Entretanto, o maior aumento de peso no hipotireoidismo é secundário à retenção hídrica.

O excesso de glicocorticoides traz diversas mudanças à composição corporal, além de aumentar o apetite e inibir a expressão da UCP1 (por redução do T3), reduzindo a termogênese. Leva a uma obesidade centrípeta e diminuição na velocidade de crescimento. A principal causa é o uso indiscriminado de corticosteroide exógeno.

A obesidade monogênica leva a uma obesidade de início precoce, mas com sintomas leves. Amplamente estudada, com diversos genes e mutações conhecidos.

A deficiência ou resistência ao GH leva a uma obesidade grave e de difícil resolução após a reposição de GH.

Obesidade sindrômica é um termo genérico usado para descrever casos em que a obesidade ocorre em associação a fenótipos adicionais, como deficiência intelectual, características dismórficas e anomalias congênitas que afetam órgãos e sistemas específicos, apresentando fisiopatologia semelhante entre si.