As principais vantagens de se estudar a presença de bactérias do grupo coliformes na água destinada ao consumo humano estão relacionadas com o fato de elas serem Gram-positivas, facilmente identificadas por seus endósporos e indicarem a contaminação das amostras por fezes de animais de sangue quente.

A fermentação da lactose não é uma via metabólica observada nas bactérias coliformes aeróbias ou anaeróbias facultativas, o que inviabiliza a utilização de testes que buscam detectar a presença de microrganismos patogênicos, como Escherichia coli, em amostras de água a partir de culturas em caldos lactosados.

A portaria do Ministério da Saúde que discorre sobre os procedimentos de controle e de vigilância da qualidade da água para consumo humano e seu padrão de potabilidade determina, em certas circunstâncias, que seja realizada a análise das seguintes cianotoxinas no ponto de captação: microcistinas, saxitoxinas e cilindrospermopsinas.

A remoção de cistos de protozoários da água é pouco eficiente a partir de métodos mecânicos como a filtração, no entanto, a desinfecção química com doses mínimas de cloro garante a morte destes estágios dos parasitas tendo em vista que eles são mais sensíveis a este composto do que os vírus e as bactérias coliformes.