Pacientes em evolução natural de comunicação interventricular que desenvolveram a síndrome de Eisenmenger têm uma expectativa de vida maior quando o defeito é mantido aberto.

A síndrome de Eisenmenger se manifesta quando a resistência vascular pulmonar excede a sistêmica, havendo inversão do shunt, que passa a ser da esquerda para a direita, com o consequente aparecimento de cianose.

Devido à cianose crônica apresentada na síndrome de Einsenmenger, as arritmias atriais são mais prevalentes que as ventriculares em portadores dessa condição.

Por mecanismos diferentes de evolução da doença, ao contrário da comunicação interventricular, os portadores de persistência do canal arterial não evoluem para a síndrome da Eisenmenger.

A gestação, desde que bem acompanhada, não é contraindicada em pacientes com síndrome de Eisenmenger.