A teoria da endossimbiose proposta pela cientista Lynn Margulis em 1981 é baseada no estudo de duas organelas citoplasmáticas com características exclusivas e, portanto, diferentes de todas as outras organelas de células eucariontes. Como exemplo de tais características exclusivas, Margulis citou a capacidade de autoduplicação e a presença de um DNA próprio (diferente do DNA nuclear).

As duas organelas estudadas na referida teoria são denominadas: