No ambiente hospitalar, Pseudomonas aeruginosa e Enterobacter somam juntas quase 40% das causas, seguidas com frequência decrescente pela Cândida albicans, Bacteroides fragilis e o Staphilococcus aureus.

O enterococci encontrado na flora intestinal normal e quando presente nas culturas frequentemente não representa o agente causal; mas, em pacientes graves, o tratamento poderá ser feito com ampicilina, visto que tanto o Enterococcus faecalis quanto o Enterococcus faecium apresentam boa sensibilidade (> 90%).

O uso de antibiótico profilático é fortemente recomendado 30 a 60 minutos antes da incisão cirúrgica, e doses subsequentes serão necessárias para procedimentos com mais de 3 horas; se não for iniciado no intraoperatório, ele ainda pode ser efetivo se iniciado em até 60 minutos após a chegada na UTI

Pacientes com hipotermia ou anemia apresentam maior risco de infecção do sítio cirúrgico; assim, o controle restrito da temperatura do paciente, visando à normotermia, e a transfusão de sangue no perioperatório, visando à manutenção da hemoglobina próximo a 10 g/dL, são importantes medidas de prevenção.

Na antissepsia da pele e mãos, a clorexidina tem excelente atividade contra CGP, boa atividade contra BGN (inferior ao álcool) e vírus, fraca atividade contra fungos, mas uma excelente atividade residual (superior ao povidine), que não é inativada pela presença de sangue.