Dentes com problemas periodontais severos que possuem suporte ósseo insatisfatório são contraindicados para cirurgias parendodônticas.

Dentes com ápices relacionados a reparos anatômicos de risco (seio maxilar, fossa nasal, canal mandibular, forame mentoniano) são contraindicados à cirurgia parendodôntica.

A curetagem com alisamento radicular é indicada para lesões periapicais extensas que não responderam ao tratamento endodôntico e cujas imagens radiográficas sugerem presença de cisto ou corpo estranho (fragmento de instrumento, guta-percha ou cimento).

Em cirurgias de apicetomia, a proporção raíz/coroa não interfere na indicação do procedimento.