Em se tratando dos processos de desinfecção (processo de eliminação de todos os microrganismos na forma vegetativa, independente de sua classificação quanto à patogenicidade) é descrito na literatura a indicação do Álcool etílico (AL), 70% por sua atividade germicida, seu menor custo e menor toxicidade.

O mecanismo de ação do álcool é a desnaturação de proteínas. É recomendável para desinfecção de nível médio de artigos com tempo de exposição de dez minutos, sendo aconselhadas três aplicações intercaladas pela secagem natural.

O Hipoclorito de Sódio (HS) é recomendado para desinfecção e descontaminação de superfícies, possui difícil validação pela possibilidade de perda de sua estabilidade, odor característico, toxicidade, facilmente inativado na presença de matéria orgânica e corrosivo para metais.

O Glutaraldeído (G) é recomendado para artigos semicríticos e instrumentos sensíveis ao calor sendo utilizado para desinfecção na concentração de 2% e por período de exposição de 20 a 30 minutos, porém apesar de ser contra-indicado sua utilização em borracha, metais, lentes e outros materiais,pelo dano que pode causar aos mesmos, sua utilização é estimulada pois não oferece risco ocupacional para o funcionário.