Devem ser priorizadas na amostragem partículas mais finas, como silte e argila, que possuem maior capacidade específica e maior área superficial quando comparadas a partículas maiores, o que as torna mais interativas com os contaminantes.

Os amostradores de núcleo são utilizados para coletas mais superficiais, quando comparados aos de garra.

Amostras de leito para análise da presença de agrotóxicos devem ser mantidas em temperatura ambiente para que as condições de coleta sejam mantidas por longos períodos.

A amostragem de sedimentos em rios deve ser feita em local de máxima energia, onde se verifica escavação natural do leito, evitando-se a coleta de material com contaminações recentes.