o estudo de arranjos espaciais dos grupamentos funcionais e das propriedades estruturais de um fármaco visam alterar o sítio receptor.

um fármaco pode ser alterado não somente para aumentar sua ligação com o sítio receptor, mas também para antagoniza-lo, realizando um bloqueio da atividade biológica. No entanto, esse mecanismo é raro e não se conhece drogas comercializadas que atuam dessa forma.

as relações entre o fármaco e o receptor envolvem ligações de hidrogênio, dipolo-dipolo, íon-dipolo, ligações covalentes; e interações hidrofóbicas.

métodos computacionais e bancos de dados permitem uma análise rápida da atividade biológica versus propriedades físico-químicas de uma série de moléculas de interesse, auxiliando no desenvolvimento de novas drogas. Como consequência, testes biológicos podem ser reduzidos ou não necessários, mitigando a utilização de modelos animais.