É o bioma brasileiro mais ameaçado da atualidade. Um estudo feito por uma ONG que leva seu nome e pelo INPE (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais) apontou que o desmatamento foi de 235 km² entre os anos de 2011 e 2012. As florestas foram as mais prejudicadas pelo desmatamento com perda de 219 km² de vegetação. A vegetação de restinga teve perda de 15 km², enquanto os mangues perderam 0,17 km². Licenças para desmatamentos irregulares e a indústria do carvão foram as principais causas deste desmatamento. Dados mais recentes, divulgados pelo IBGE (Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística) em junho de 2015, apontam que somente 14,5% da vegetação original (nativa) desse bioma permanecemospreservadas. O dado positivo é que a área desmatada diminuiu de 88% para 85,5% entre os anos de 2010 e 2012.