No sistema coletivo, a vantagem principal é que acumulam poucos medicamentos na unidade de internação, sendo o controle de estoque maior e mais efetivo, reduzindo perdas e desvios.

No sistema individualizado, os medicamentos são armazenados nas unidades de internação, ficando sob responsabilidade da enfermagem e gerando miniestoques para facilitar a administração dos medicamentos aos pacientes.

Há três sistemas de distribuição de medicamentos (sistema coletivo, individualizado e por dose unitário), sendo o mais vantajoso dentre eles o sistema individualizado, devido à menor incidência de erros de medicação.

No sistema de dose unitária, embora o custo de implementação seja maior, é o sistema que melhor garante que o medicamento prescrito chegue ao paciente, de acordo com prescrição médica de forma individualizada, havendo menos erros de medicação, perdas, custo e menor tempo de dispensação dos medicamentos.