O programa Pró-Saúde desenvolve-se com base no pressuposto de que a reorientação da formação dos profissionais de saúde deve ocorrer simultaneamente em dois eixos distintos, cada um composto por dois vetores: o eixo A, que corresponde à orientação teórica, e o eixo B, que corresponde à orientação prática. Mediante a articulação desses dois eixos objetiva-se promover a integração entre as instituições de ensino superior e o serviço público de saúde.