A administração da Agência de Fomento do estado do Tocantins é exercida pelo Conselho de Administração, com função deliberativa colegiada, e pela Diretoria Executiva. O Conselho de Administração é composto por sete membros efetivos e residentes no país. Diante dessas informações, é competência do Conselho de Administração da Agência de Fomento do estado do Tocantins: