Não é uma prática recomendada implantar IPSs em linha para interromper ataques ativamente.

Não é uma desvantagem de IDSs baseados em anomalias serem completamente cegos a novos ataques que ainda não foram registrados.

Um IDS, normalmente situado no limite de rede, realiza uma "inspeção superficial de pacote", analisando somente campos de cabeçalho, não se envolvendo com cargas úteis no datagrama (incluindo dados da camada de aplicação).

São razões pelas quais muitas organizações preferem o uso de IDS ao invés de IPS: ocorrência de tratamento indevido a falsos positivos e gargalo no tráfego da rede.

O IPS é um sistema passivo, limitado a monitorar e gerar alarmes ao detectar atividades suspeitas. Por outro lado, o IDS não só identifica, mas também pode bloquear o tráfego suspeito, adotando uma abordagem mais proativa na prevenção de intrusões.