O período Permiano caracterizou-se pela maior transgressão marinha de todos os tempos. Os mares transgrediram os limites das bacias e em certas épocas as três bacias chegaram a unir-se.

As histórias das bacias intracratônicas brasileiras iniciou-se com subsidência moderada no Cambriano e máxima no Permiano. A partir do Jurássico, a Bacia do Parnaíba o fenômeno evoluiu gradativamente.

Em princípio, as bacias possuíam características marinhas e os mares eram extensos no Devoniano, ultrapassando até mesmo os limites das bacias.

O aparecimento das fossas tectônicas costeiras no Carbonífero (reativação Waldeniana) possibilitou o início da fase de individualidade das bacias intracratônicas já no Cenozoico.