O exemplo da pessoa com fobia específica ter medo de dirigir, devido a imagens obsessivas de causar ferimentos a outras pessoas, pode ser confundido com transtorno obsessivo-compulsivo.

Eventos traumáticos podem preceder o início de TEPT e a fobia específica. Nesse caso, um diagnóstico de fobia específica é dado somente se não são satisfeitos todos os critérios para TEPT.

Pode ser diagnosticado, também, com fobia específica quando o comportamento de esquiva está limitado exclusivamente à esquiva de alimento.

Quando o medo e a esquiva são devidos a pensamento delirante, um diagnóstico de fobia específica não é justificado, mas sim transtorno do pânico.

Deve ser dado um diagnóstico de fobia específica se os ataques de pânico ocorrem, também, em resposta ao objeto ou situação específica.