Existem três fases que mostram a dinâmica da interação vírus-hospedeiro: uma fase aguda inicial; uma fase média crônica; e uma fase final de crise.

A fase aguda inicial representa a resposta de um adulto imunocompetente à infecção pelo HIV. Caracteriza-se por alto grau de produção de vírus, viremia (presença de vírus circulando no sangue) e implante generalizado nos tecidos linfóides. Mas a infecção inicial é prontamente controlada por uma resposta imunológica antiviral.

A fase média, crônica, representa um estágio de relativa contenção do vírus associada a um período de latência clínica. O sistema imunológico ainda está íntegro, mas há uma replicação constante do HIV, principalmente nos tecidos linfóides, que pode durar vários anos. Os pacientes permanecem assintomáticos ou apresentam linfadenopatia generalizada persistente. Os sintomas constitucionais são leves ou inexistem.

A fase final ou de crise caracteriza-se pela deterioração das defesas do hospedeiro, recrudescimento da replicação viral e doença clínica. Normalmente os pacientes apresentam febre prolongada (mais de 15 dias), fadiga, perda de peso e diarréia; o número de linfócitos (CD4+) cai.

Depois de um período variável, sobrevêm infecções graves, tuberculose, pneumonia, alguns tipos de câncer, candidíase ou doença neurológica clinicamente evidente, então se pode dizer que o paciente está com AIDS. Além disso, de acordo com as orientações dos Centros para Controle de Doença, qualquer pessoa infectada pelo HIV com menos de 200 células linfócitos TCD4+/µ l é considerada como tendo AIDS.