A negatividade do FAN no exame de triagem permite descartar o diagnóstico de Lúpus eritematoso sistêmico.

O FAN é especialmente útil para monitorizar a atividade da doença e a resposta ao tratamento imunossupressor.

Os títulos de anti-DNA apresentam correlação com a atividade da doença, sendo úteis para acompanhamento, especialmente em casos de nefrite lúpica.

O anti-Sm é um exame útil para triagem diagnóstica, por apresentar elevada sensibilidade, mas baixa especificidade.

O FAN é útil na diferenciação do Lúpus convencional daquele induzido por drogas, situação essa em que geralmente é negativo.