A intensidade do fluoróforo III é mais alta em torno de 730 nm, permitindo que seja utilizado em combinação com o fluoróforo I.

De acordo com o perfil de emissão dos fluoróforos I e II, é desnecessário usar filtros no microscópio de fluorescência.

No caso de uma citometria, por exemplo, o uso dos fluoróforos II e IV dependerá de compensação, usando apenas um laser.

Com a combinação dos fluoróforos II e III é possível diferenciar as duas fluorescências através de filtros e de compensação do equipamento, mesmo com a sobreposição dessas fluorescências em 550 e 650 nm.