Segundo entendimento do STJ, o acordo de não persecução penal possui natureza processual, devendo ser aplicado o princípio da imediatidade à norma que o instituiu e não a retroatividade de norma mais benéfica.

Não cabe acordo de não persecução penal nos crimes fiscais porque uma de suas condições – a reparação do dano, exceto na impossibilidade de fazê-lo – constitui causa extintiva da punibilidade pelo cumprimento da obrigação tributária.

Se o juiz considerar inadequadas, insuficientes ou abusivas as condições impostas no acordo de não persecução penal, deverá encaminhar imediatamente os autos ao Procurador-Geral ou às instâncias de revisão ministerial.

Segundo a jurisprudência do STJ, o acordo de não persecução penal é inaplicável para os crimes de homofobia e transfobia, atribuindo-se a essas condutas o tratamento legal conferido ao crime de racismo.

A audiência de homologação do acordo de não persecução penal poderá ser dispensada se ficar demonstrada a legalidade da proposta realizada e aceitação do investigado e de sua defesa.