No endocárdio ocorre a deposição de plaquetas e fibrina, favorecendo a colonização de estreptococos (56%) ou estafilococos (25%) ou outras, com posterior disseminação.

A origem é a bacteremia, em pessoas debilitadas e submetidas a tratamento odontológico, principalmente com valvopatia congênita (sopro) ou adquirida por febre reumática, sífilis e pela própria degeneração da idade, além de portador de prótese valvar.

O piercing colocado na mucosa labial, na língua ou freio lingual não representa risco potencial para a Endocardite Bacteriana.

A American Heart Association indica a profilaxia única de 2g de amoxicilina para adultos e 50mg para crianças 1 hora antes da intervenção.