A UERJ tem autonomia assegurada constitucionalmente. Isto significa, sobretudo, um grau bem mais acentuado de liberdade de agir que outras autarquias. A LDB/1996 institui no artigo 54 que as universidades mantidas pelo poder público gozarão de estatuto jurídico especial. A autonomia e os objetivos das atividades universitárias impedem que se aplique às universidades oficiais o mesmo tratamento conferido às demais autarquias, o que pode ser verificado em suas características, com EXCEÇÃO de: