Durante o governo de Fernando Henrique Cardoso, foi criada a Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares, que passou a ser a empresa responsável por gerir os hospitais universitários no Brasil.

A Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares é uma organização da sociedade civil de interesse público, sendo tal empresa a atual gestora dos hospitais universitários.

A Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares tem como objetivos a busca de resultados, o alcance de metas quantitativas e o controle hierarquizado com pouca participação dos funcionários no processo decisório das atividades de trabalho.

Passados alguns anos da implantação da Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares no HC/UFPR, a percepção dos trabalhadores é de que muitos problemas que existiam antes de sua inauguração foram resolvidos.

A gestão atual do HC/UFPR se dá pela Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares, uma autarquia de administração direta do setor público, que gere também outros hospitais universitários do Brasil.