A manipulação de medicamento é permitida somente na inexistência de especialidade farmacêutica registrada e comercializada no país, com a mesma forma farmacêutica e dosagem prescritas.

A manipulação magistral de associação medicamentosa é permitida apenas com justificativa do prescritor, desde que tal associação não seja proibida em legislação específica.

A farmácia de atendimento privativo de unidade hospitalar pode manter estoque mínimo de preparações magistrais e oficinais por um período que não ultrapasse 30 dias, desde que garantidas a qualidade e estabilidade das preparações.

A manipulação de substâncias voláteis, tóxicas, corrosivas, cáusticas e irritantes deve ser realizada em capela de exaustão.