O cálculo da distância genética (ou inversamente, da similaridade genética) tem aplicação imediata no estudo da diversidade genética. Os dados de marcadores moleculares podem ser utilizados para medir distâncias entre pares de acessos, variedades, genitores, clones e linhagens. Há vários índices de distância e sua escolha vai depender somente da natureza do tipo de marcador.