A estrutura da Auditoria Governamental Interna e Externa está representada, no âmbito da União, pelo Ministério da Transparência, Controladoria Geral da União (CGU) e Ministério da Fazenda. São os órgãos, dentro do Governo Federal, que possuem a centralidade das ações relativas a controles internos.

O Sistema de Controle Interno (SCI) é formado por todas as Unidades de Auditoria Interna Governamental (UAIG), assim classificadas, integrantes dos órgãos da Administração Pública Federal, exceto as autarquias, fundações públicas e estatais.

Junto com o Órgão Central e dos Setoriais foi definido como órgão máximo do sistema as denominadas Auditorias Internas Singulares (AUDIN), criadas por força do artigo 14 do Decreto n.º 3.591/2000.

A CGU exerce competências relativas à auditoria interna no âmbito do Poder Executivo Federal. Ela resulta de evolução e adequações de natureza política e estrutural da Administração Pública brasileira ao longo do século XX, marcado pela edição do Decreto-Lei 200/1967 e, em 1964, com a aprovação da Lei n.º 4.320.

Atualmente a auditoria interna está organizada em uma estrutura hierarquizada que se inicia no Ministério da Fazenda e no Ministério da Transparência e Controladoria Geral da União, posicionados no primeiro escalão da hierarquia do Governo Federal, que tem como órgão operacional a Secretaria Federal de Controle Interno (SFC).