Uma infecção complicada está associada a fatores que aumentam a chance de adquirir bactérias e diminuir a eficácia da terapia. O trato urinário está estrutural ou funcionalmente anormal, o hospedeiro está comprometido e/ou as bactérias aumentaram virulência ou resistência antimicrobiana. São fatores que sugerem uma infecção urinária complicada: