Por recomendação do Ministério da Saúde, as uretrites devem ser abordadas na atenção primária, de maneira sindrômica, empregando tratamento empírico de primeira escolha com ciprofloxacino e azitromicina, para cobertura tanto do gonococo quanto da Chlamydia spp.

Entre as IST, a uretrite gonocócica e a sífilis compartilham a indicação de tratamento em dose única em suas diversas apresentações clínicas, facilitando a adesão ao tratamento e o controle da disseminação das doenças na comunidade.

Desde 2016, após avaliação do perfil de resistência do gonococo no Brasil, o Ministério da Saúde recomenda o uso de ceftriaxona para o tratamento empírico das uretrites, já que, na avaliação, pelo menos 50% dos isolados eram resistentes ao ciprofloxacino.

Neisseria gonorrhoeae e Treponema pallidum, causadores da uretrite gonocócica e da sífilis, respectivamente, são elencados pela Organização Mundial da Saúde entre as bactérias mais problemáticas do ponto de vista de capacidade de mutação e resistência aos antimicrobianos geralmente empregados para seus tratamentos.

As infecções congênitas por Neisseria gonorrhoeae ou Treponema pallidum causam manifestações semelhantes nos recémnascidos, dificultando sua diferenciação clínica.