ambos podem armazenar páginas estáticas, mas só o APACHE pode armazenar páginas dinâmica.

ambos têm código aberto, mas a Microsoft cobra pelo licenciamento do IIS.

o APACHE funciona com o banco de dados MYSQL e o IIS só funciona com o banco de dados SQL Server.

o IIS só funciona com um Servidor WINDOWS enquanto que o APACHE funciona também com outros sistemas operacionais.

somente o IIS suporta a conexão segura HTTPS.