Nas Comissões Intergestores, as instituições privadas de saúde conveniadas ao Sistema Único de Saúde poderão ser representadas pelo CONASS, pelo CONASEMS e pelo COSEMS.

A Comissão Intergestores Bipartite, no âmbito da União, é vinculada ao Ministério da Saúde para efeitos administrativos e operacionais.

A Comissão Intergestores Tripartite, no âmbito do Estado, é vinculada à Secretaria Estadual de Saúde para efeitos administrativos e operacionais.

A Comissão Intergestores Regional, no âmbito regional, é vinculada à Secretaria Estadual de Saúde para efeitos administrativos e operacionais, devendo observar as diretrizes da Comissão Intergestores Bipartite.

É de competência exclusiva da Comissão Intergestores Bipartite a pactuação das diretrizes nacionais, do financiamento e das questões operacionais do espaço situado em fronteiras com outros países, respeitadas, em todos os casos, as normas que regem as relações internacionais.