O pareamento de Hoogsteen constitui o modo preferencial de pareamento de bases na dupla hélice, em relação ao modelo de Watson e Crick.

A cristalização de derivados monoméricos de adenina e timina origina o pareamento de Hoogsteen, o qual confere maior estabilidade aos pares de base adenina e timina, se comparados ao modelo proposto por Watson e Crick.

A disposição das bases não obedece à complementaridade geométrica dos pares de bases em que adenina se liga a guanina e citosina, a timina.

A importância da geometria de Watson e Crick é observada na estabilização das estruturas terciárias de tRNAs.

Pares de bases de Watson e Crick ocorrem na super-hélice, devido à complementaridade eletrônica.