Desde abril de 2020, a Fiocruz vem analisando a presença do novo coronavírus (SARS-COV-2) nos esgotos do município de Niterói. Esse estudo, junto com outros dados relacionados à doença, é um dos indicadores de como o vírus está circulando na população. Apesar de a transmissão do novo coronavírus se dar pelo ar, outras doenças são características da falta de saneamento em cidades, como: