É organizado e gerenciado diretamente pela Fundação Nacional do Índio (FUNAI).

É organizado com base nos Distritos Sanitários Especiais Indígenas (DSEI), que são territórios etnoculturais dinâmicos, não necessariamente contíguos.

É um sistema privado, financiado por convênios internacionais.

As ações de saúde são de responsabilidade dos próprios pajés e das lideranças comunitárias.

Está subordinado diretamente às Secretarias Municipais de Saúde onde se localizam as aldeias.