Diferentes sistemas operacionais podem utilizar sistemas de arquivos distintos, como o NTFS no Microsoft Windows e o ext4 em distribuições do Linux.

Um sistema de arquivos não interfere na forma como os dados são organizados em discos ou outras mídias de armazenamento, pois essa tarefa é realizada apenas pelo hardware do dispositivo.

Sistemas de arquivos modernos não permitem controle de permissões de acesso aos arquivos armazenados.

Sistemas de arquivos são estruturas utilizadas exclusivamente para armazenar programas executáveis, não sendo responsáveis pela organização de diretórios ou arquivos de dados.

A escolha de um sistema de arquivos não possui relação com aspectos como desempenho, confiabilidade ou gerenciamento de espaço em disco.