Compete à direção nacional estabelecer normas e executar a vigilância sanitária de portos, aeroportos e fronteiras, podendo sua execução ser complementada pelos Estados, Distrito Federal e Municípios.

Compete à direção nacional formular normas suplementares de procedimentos de controle de qualidade para produtos e substâncias de consumo humano.

Compete exclusivamente à direção nacional executar os serviços de vigilância epidemiológica, sendo vedada a atuação complementar dos Estados e Municípios.

Compete à direção nacional identificar estabelecimentos hospitalares de referência estadual e gerir sistemas públicos de alta complexidade de referência regional.

Compete à direção nacional participar da execução dos serviços de vigilância epidemiológica, sendo-lhe vedado coordenar essas ações.