O Conselho tem autonomia plena e pode decidir livremente sobre qualquer recurso do SUS.

A decisão do Conselho é vinculante, desde que aprovada por maioria simples.

O uso dos recursos do Piso da Atenção Básica é restrito à atenção primária, devendo o MP exigir cumprimento da vinculação orçamentária prevista em norma federal.

O parecer técnico da Secretaria prevalece sobre a deliberação do Conselho.

O Ministério Público deve propor ação civil pública para anular todas as decisões do Conselho.