Cerca de 95% das infecções do trato urinário ocorrem quando bactérias ascendem a uretra para a bexiga e, no caso de pielonefrite, ascendem do ureter para os rins. O restante das infecções do trato urinário superior é hematogênica.

A infecção bacteriana da uretra (ou por protozoários, vírus ou fungos) ocorre quando os organismos conseguem acesso a ela e colonizam de modo agudo ou crônico as numerosas glândulas periuretrais nas porções bulbar e pendular da uretra masculina e na uretra feminina inteira.

Cistite é infecção da bexiga. É comum em mulheres, nas quais casos de cistite não complicada são geralmente precedidos por relação sexual (cistite da lua de mel).

A bacteriuria assintomática é a ausência de sinais ou sintomas de uma ITU (Infecção do Trato Urinário) em um paciente cuja cultura de urina preenche os critérios para uma ITU. Pode ou não ocorrer piúria. Como é assintomática, essa bacteriúria é encontrada principalmente na triagem dos pacientes de alto risco, ou quando a cultura de urina é feita por outras razões.

Em tratos geniturinários relativamente normais, cepas de Escherichia coli com fatores de ligação específicos para epitélio transicional da bexiga e ureteres representam 75 a 95% dos casos. O restante dos patógenos gram-positivos urinários inclui normalmente outras enterobactérias, tipicamente Klebsiella, Proteus mirabilis e, às vezes, Pseudomonas aeruginosa.