A PNAES prevê a substituição imediata do financiamento por procedimento.

A política estabelece a Atenção Especializada como porta de entrada preferencial da RAS, substituindo a Atenção Primária.

A política restringe o transporte sanitário apenas a capitais, sem financiamento tripartite.

A PNAES exclui a participação da sociedade e do controle social no processo de implementação e avaliação da política.

Entre as diretrizes, está a promoção da cultura de segurança do paciente nos serviços especializados, com monitoramento e avaliação de processos e resultados.