As bibliotecas universitárias surgiram a partir de bibliotecas públicas, sendo comum que as instituições responsáveis pela fundação das universidades aproveitassem estruturas já existentes, convertendo-as em bibliotecas voltadas ao ensino e à pesquisa acadêmica.

No Brasil, o surgimento das bibliotecas ocorreu nos colégios jesuítas, com acervos voltados à formação dos religiosos; contudo, as reformas pombalinas contribuíram para a reorganização desses acervos, tornando-os mais humanistas e ampliando sua difusão no território colonial.

A expansão das bibliotecas universitárias no Brasil ocorreu a partir da década de 1960, quando as Bibliotecas Centrais das IFES, responsáveis pela concentração dos acervos universitários, passaram a ser descentralizadas em bibliotecas especializadas por área ou por faculdade.

O fortalecimento da relação entre universidade e biblioteca intensifica-se no Brasil a partir da Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional (1996), que reforça o papel do ensino superior na produção e difusão do conhecimento.

Dentre as grandes transformações ocorridas nas bibliotecas no final do século XIX, destaca-se a substituição do sistema arábico de numeração pelo alfabeto, adotado como principal método de organização dos acervos e dos catálogos bibliográficos.