A alteração da microbiota afeta o desenvolvimento das DII, com, por exemplo, diminuição de Firmicutes e aumento de E. coli, Fusobacterium e Proteus.

Colangite esclerosante primária aumenta o risco de neoplasia colônica nos pacientes com retocolite ulcerativa.

Tuberculose pode ser um diagnóstico diferencial de doença de Crohn.

As alterações microscópicas da doença celíaca caracterizam-se por atrofia de vilosidades e aumento de linfócitos intraepiteliais.

Existem grupos específicos que devem ser triados para doença celíaca: síndrome de Down, diabetes tipo 2 e doença autoimune de tireoide.