As autonomias administrativa, financeira e patrimonial das Universidades equivalem às autonomias financeiras e orçamentárias próprias de Órgãos de Poder, conferindo-lhes total independência em relação ao Poder Executivo.

A escolha e nomeação de reitores e vice-reitores das Universidades Federais pelo Presidente da República a partir de lista tríplice, constituía ato que prejudicava o exercício da autonomia universitária, segundo entendimento do Supremo Tribunal Federal.

A autonomia universitária prevista no art. 207 da Constituição Federal concretiza-se pelas deliberações colegiadas.

As universidades devem obediência ao princípio de separação entre ensino, pesquisa e extensão, sendo vedada constitucionalmente a indissociabilidade entre essas três atividades acadêmicas.

A admissão de professores, técnicos e cientistas estrangeiros é vedada às universidades públicas brasileiras, em razão da necessidade de preservação da autonomia universitária nacional.