O controle de qualidade dos medicamentos manipulados deve ser realizado em todas as preparações, podendo ser executado em laboratórios contratados, uma vez que a farmácia não precisa dispor de área para o controle de qualidade.

A paramentação é uma atividade fundamental para a manipulação. A área de paramentação da equipe pode conter sanitários e lavatórios antissépticos.

A farmácia de manipulação deve adotar balanças calibradas com registros de segurança e tem a liberdade de manter 1 (uma) balança apenas para precisão.

Na resolução, são classificados 6 (seis) grupos de atividades diferentes para farmácias com manipulação, sendo uma delas a manipulação de doses unitárias e unitarização de dose de medicamentos em serviços de saúde.

Apenas as informações referentes à prescrição dos medicamentos sujeitos a controle especial precisam ser registradas em Livro de Receituário, informatizado ou não.