A atuação institucional é incompatível com a atuação clínica, sendo que o psicopedagogo necessita realizar uma escolha quanto ao melhor tipo de intervenção psicopedagógica para cada caso.

A atuação institucional ocupa-se do atendimento de professores em sala de aula, enquanto a atuação clínica detém, com exclusividade, o uso dos instrumentos de intervenção psicopedagógica com grupos.

A atuação institucional trata dos problemas de base orgânica, mas com o uso de dinâmicas de grupo; a atuação clínica também prioriza os aspectos biológicos do desenvolvimento, porém utilizando-se prioritariamente dos testes psicológicos.

A atuação institucional foca predominantemente na análise dos processos de aprendizagem e das relações que ocorrem na estrutura da organização, enquanto a atuação clínica centra a escuta e a compreensão da história particular do sujeito e sua subjetividade.